國防部今發新聞稿澄清，確診者中有2人是政戰學院參加海軍敦睦遠航的學生，1人為敦睦支隊艦上士官，目前均已住院接受治療；海軍全程按照指揮中心指導，並無外界質疑隱匿疫情的情事。
國防部指出，案396、397傳出在艦隊上隔離期間就有身體不適情況，但案396是在4月13日因頭痛在艦上求醫診療，經醫官量測體溫為36.6度未發燒，針對頭痛症狀給予藥物治療；案397則並未回報及求醫。
知情人士透露，案396向醫官反映有頭痛、流鼻水症狀，由於沒有發燒，醫官可能研判當時該艦隊已從帛琉返航20多天，超過病毒潛伏期，而研判是一般感冒，並未通報採檢。
國防部強調，本次海軍敦睦支隊任務，事前整備、航行全程及任務完竣返國歸建，對防疫工作教育、宣導、整備、執行等環節，均依據指揮中心指導，嚴謹履行各項防疫作為，包括全艦官兵學生每天例行體溫量測2次，密閉空間配戴口罩、艙間每日2次定時消毒及換氣、配置負壓隔離病房、全員分批用餐等，在帛琉參訪期間也擬出參訪防疫注意事項，採「團體、分批、分地」，落實防疫自主健康管理工作。
蔡適應今說，敖以智15日說該艦隊官兵身體都沒狀況，如今卻爆發群聚感染，這是非常嚴重的事，海軍務必要嚴查該艦隊在隔離期間是否依規定落實相關防疫規定。他也說，敖以智今也聯繫他，強調當時在立院是依照該艦隊回報狀況答詢。
