有鑑於2021年5月中旬爆發本土疫情，社會部分輿論認為中央流行疫情指揮中心對於疫苗整備及採購政策似有不周，決策過程未見完備，因此監察院4名監察委員林郁容、王麗珍、蘇麗瓊、蕭自佑，日前針對此事進行調查，也約談時任衛福部陳時中部長、疾管署周志浩署長及食藥署吳秀梅署長等人後，提出調查報告。
疫苗採購時程
監委指出，台灣新冠疫情較其他國家晚蔓延，未爆發大規模社區感染前即開始整備疫苗。不過由於先進國家早一步投資疫苗生產，加上我國採購數量相對少、疫情平穩時民眾接種意願低等因素，因此初期我國非屬國際疫苗廠優先供貨之國家，後指揮中心透過外交部協助爭取國際捐贈，為不得不然之舉。
對此監委認為，允應確實檢討此次新冠疫苗無法滿足國人接種需求之各項因素，作為日後因應新興傳染病流行之疫苗政策決策及執行採購時程之參考。
國產疫苗
至於國產疫苗部分，監委表示，行政院於2020年7月確定「自研自製」的疫苗管道，後食藥署即召集高端、國光及聯亞等3家研發新冠疫苗業者參與，並且2021年5月28日專家會議上同意以「比較國產疫苗與AZ疫苗之免疫原性（不劣性比較）」作為國產疫苗緊急使用授權（EUA）之療效評估標準，並且後來授予高端疫苗EUA。
監委認為，迄今國際間承認高端疫苗之國家僅有10國，主要原因應係未有傳統第三期臨床試驗之結果證明其療效，國際認證之進展相當有限，部分國人因此對其保護力有所質疑，已不利國內疫苗產業之發展。籲衛福部以此為鑑，未來研酌於契約中擬訂業者取得相關國際認證等適當條件，以促使國內業者盡最大努力，提升民眾信心。
緊急採購規範
另一方面，《政府採購法》第105條第1項第2款規定，授權公務員應依專業判斷進行緊急採購，不過執行者在實務上因授權範圍未具體明確，仍可能多所顧慮。本次疫苗採購，就遇到COVAX平台、AstraZenca公司、Moderna公司等疫苗未過三期臨床未被質疑合法性，但國產疫苗未取得EUA而被質疑採購合法性；少買被認為要高價取得，超買又被認為報銷數量過多；以及合約權利義務利於賣方導致採購金額難比價等情況。
對此監委點出，衛福部及工程會允應就此次新冠疫苗之採購經驗，通盤檢討緊急採購之相關規範，其授權範圍應具體明確，採購程序及機制容許相當之彈性，完備緊急採購之法令規範及辦理程序，俾使公務員不致進退失據，得及時依專業判斷為適當之採購；另衛福部允應培養國內具備國際採購專業之人員，研酌如何結合各部門專業人力，共同協助處理，提升緊急採購之專業能力。
民間團體買疫苗
最後，有關當初衛福部要求民間企業及慈善團體申請輸入疫苗時檢附原廠授權書一事，監委認為有其確保疫苗安全有效及供應數量穩定之考量，僅在當時國人對疫苗有急切需求之氛圍下，衛福部完成簽署程序的時間與國人對加速取得疫苗之期待有所落差。
對此，監委認為，衛福部允應檢討此次民間企業、團體捐贈疫苗之行政流程及證明疫苗來源及品質之相關文件，建立捐贈疫苗與藥品之處理機制。
此外，監委也另外提出以下4點調查意見：
- 我國與國際間疫苗受害救濟之審查制度相較，民眾申請時無須付費及負舉證責任，且由中央協助資料蒐集，申請之門檻較低，相對審理所需行政負擔較重。惟新冠疫苗多採用緊急授權方式上市，在安全性及有效性存有風險，民眾於接種疫苗後發生不良反應，因有時序上之關聯，難免懷疑與接種疫苗有關，疾管署允應加速新冠疫苗預防接種受害救濟審查進度，釐清個案傷病或死亡與施打疫苗之關聯性，使受害民眾迅速獲得合理之補償，維持對接種疫苗之信心，以利防疫政策之推動。
- 指揮中心依據ACIP專家會議結論，依職業、年齡、疾病等風險別排定優先順序，但公布之相關會議記錄，對於疫苗接種政策之討論，僅記錄討論後之決議，民眾難以瞭解接種順序之考量，引發各種疑慮，應予檢討以作為未來疫苗接種政策之參考。
- 部分縣市對於預約接種疫苗方式及場地動線規劃不周，甚至發生非高風險者未依接種順位提早接種疫苗之情事，衛福部允應通盤檢討此次縣市政府規劃及執行疫苗接種所發生之各項問題，作為日後進行大規模疫苗接種計畫之參考，避免類此情事之發生。
- 疫苗政策為攸關全體國民重要權益之事項，衛福部已公開部分疫苗採購、核予高端疫苗EUA、通過高端疫苗效益評估報告等重要決策之內容，相關政策亦經專家會議討論形成政策決定，但公布之資訊尚不足以使民眾對疫苗政策之諸多質疑獲得釐清，允應公開更完整之疫苗決策資訊，對民眾疑慮事項善加說明澄清，並檢討目前將相關簽稿文書之機密等級設定「密」等之必要性，適當開放予各界檢視，保障人民知的權利，增進對公共事務之瞭解、信賴及監督，並促進民主參與。
監察院指出，社會福利及衛生環境委員會於2月22日通過查報告，要求行政院督促衛生福利部對於新冠肺炎疫苗的整備與採購決策及作業程序未臻周妥之處，進行檢討改善。
