謝長廷指出，台日兩邊的說法有3大不同。首先，日方認為我方侵入釣魚台的「領海」12海浬內（12海浬內不在台日漁業協定範圍），但是我方似乎主張日本違背協議。但過去4年從未有台灣漁船在協議海域範圍內，被海保廳扣押或干擾的紀錄，所以若沒進入12海浬，「那麼日本就是違背協議，我們應該嚴正抗議。」
其次是雙方對衝突用詞「擦撞」與「衝撞」使用的不同。謝長廷表示日方的說法為「蘇澳漁船接近日方而擦撞」，並未向我方漁船衝撞（日方媒體用接觸或衝突，相當台灣的擦撞），但我方的說法則是「衝撞」。因為日方巡邏艦約206噸，而蘇澳漁船不到50噸，若有衝撞必定相當危險，這點也可抗議。
最後的不同之處是「日方說有警告，我方漁船說沒有」，這點也要釐清。謝長廷透露，日方曾提供資料，新凌波236號在2018年就有24次「侵入」12海浬的紀錄；不過台灣並不承認日本對釣魚台的主權，所以即使有進入也不代表日方可以取締干擾。但有沒有進入12海浬是事實問題，涉及此事到底是日本違背漁業協議的問題，或是主權爭議的問題，須要先行釐清。
謝長廷說，上述問題需要衛星定位、航跡圖以及航向紀錄器相互比對查明，雙方提出對照，才能決定如何應對。
