民進黨「期中考」成績不佳，總統蔡英文辭去黨主席後，黨內面對一連串的檢討聲浪，行政院也屢屢提出未來施政走向，試圖挽回民眾信心。不過呂秋遠就於臉書po文痛批民進黨，「大概已經被11月24日的結果打成中風，而且腦袋非常不清楚。公投這種東西，可以作為施政參考，而且作為未來背負政治責任的依據。但是，公投結果就一定要『依法處理』嗎？」
呂秋遠還不滿這次幾項公投題目，「當題目的設計與內涵，完全能操弄時，真的能當作民意的依歸？」他提出同志教育、東奧正名、核食及同志婚姻仔細分析，其中同志婚姻從提案、辯論到結果，「有多少人知道這是專法與民法的戰爭？而不是同性戀能不能結婚？」將人權議題拿來公投，讓多數人霸凌少數人，甚至還有很多人認為投了三好兩壞，就可以讓同性戀不能結婚。「結果宣傳方荒謬，都在講一些五四三，只是宣傳同性戀不能結婚，而不是講專法與民法的差異。」
公投後巨大的反同志聲浪暴露在國際間，卻沒有真正分析專法與民法的差異性，讓呂秋遠再度痛批，「這樣的公投結果，行政院也要參考？立專法護家盟就會支持民進黨嗎？他們要的是同性戀不能結婚，而不是立專法好嗎？立完專法，護家盟一樣愛國民黨，另外得罪剩下的300多萬立民法的票，政府決策真的好棒棒。」
至於未來如果民眾提出「酒駕撞死人應論殺人罪，且一律死刑」「虐童致死者，處以相同虐待後一律死刑」等公投，呂秋遠疑惑反問，「行政院也要提案？立法院也要通過？來啊！那就來互相傷害，看看這個國家能被摧殘到什麼地步？這個政府好守法、好尊重民意，實在太讚了！」
