檢方認定馬英九以黨主席身份主導交易案，導致國民黨損失72億餘元，依《證交法》特別背信罪將馬英九等6人起訴北檢收判後，連日來開會討論，提出九大理由拼翻案，以下是上訴重點。
一、原審法院對於本案直接證據歷次會議及內部談話錄檔、錄音譯文的證據評價，取拾標準不一，採證法則自相予盾。
二、原審法院割裂起訴事實之架構，不採整體觀察，且倒置交易過程之因果關係，或將原連結不當之交易條件分拆檢視，省略眾多事實不提，使交易案及交易條件看似單純，認事用法明顯違誤。
三、原審採用商判斷法則，但全然未提出商判斷法則之適用要件及標準，依本案事證，並參酌司法實務之商業判斷法則要件，本案無法適用商業判斷法則，原審就此欠缺說明。
四、原審對於交易案是否符合營業常規之標準迥異於司法實務，雖認為應檢視交易是否符合公司取處程序及內控規範，但於明確違反公司取處程序及內控規範之情況下，卻又認為未「嚴重違反」應行程序，而未違反營業常規。
五、原審混淆被告動機與主觀犯意，將被告所辯遵守政府法律政策云云，作為本案非常規交易行為之正當理由。
六、原審於本案中採取迴避審查交易實質之立場，而以形式外觀視交易案之合法性，與司法實務見解有關非常規交易之認定標準歧異。
七、原審在交易案中的評價標準不一，自相矛盾。
八、本案證據資料甚繁，並有案發當時整體交易過程之錄音檔及錄音譯文，而本案相關爭點，除卷內事證，檢察官更以共計61次提出補充理由書等意見，並指出卷證所在，原審判決無罪理由與卷內事證相違，竟未為任何說明，迴避說明義務。
九、原審逸脫起訴書及契約文件等書面證據及被告之辯解，自行創設概念，並逕行認定不用適用公司取處程序及內控規定之情況。
