北檢上訴有三大理由，包括：
- 「國家安全」與「言論自由」界線在於：任何人縱然在政治上可以主張支持「中國統一」，但其主觀意圖及客觀行為絕對不可以達到「與中共等敵對勢力合謀摧毀我國之國體（民主共和國）及政體（五權分立，立法權、行政權由全國人民普選決定。而非由共產黨黨員決定之共產黨一黨專政）」之程度，否則按照立法者之意旨，其行為已對我國「國家安全或社會安定」產生「明顯而立即之危險」，此時當不能再濫用「言論自由」概念濫予保護。
- 原判決未就發展組織罪集合犯性質加以審認，致未以行為人全部行為總合觀察，反而刻意切割分段駁斥起訴事實，已實質上架空發展組織罪適用。
- 被告何建華發起中華婦聯會，確有與中共接觸、主持起草組織宗旨及工作綱領，招募組團赴北京歸附中共、向中共報告為附隨組織，並起草組織計畫以資指導發展組織工作。且根據組織計畫，執行「對在台的大陸籍人摸底」之組織工作、依憑中共資源舉辦活動招攬組織成員，遂行接觸及吸收之發展組織工作、執行蒐集與實名舉報台獨人士之發展組織工作、依指示於選舉期間率眾聚於凱道介選等行為，依此統合觀察審認，已足以認定其主觀上有「危害我國國家安全或社會安全」之不法意圖。
此外，在客觀行為上，有「發起、資助、指揮或發展組織」等行為，且對國家安全、社會安定達到「明顯而立即危險」程度。原判決認事用法，尚有違誤，依法提起上訴，並藉本案建立「國家安全」與「言論自由」界線法律論述，澄清發展組織之要件。
