黨政人士直言，扁案涉及的不法所得，包括已判決及停審的部分，高達十餘億元，甚至有多筆款項都在海外，如何釐清？扁並未明確表態，「一旦特赦扁，扁家任何人取得這些資金，都會讓特赦蒙上政治陰影，失去美意。」
黨政人士證實，蔡、賴兩人在政權交接期，兩邊團隊都將特赦案列為重要事項，府方才會請法務部及司法機關盤整相關法律意見，並分析可能面臨的難題及利弊，甚至發動時機都有研究，但最終關鍵還是扁案所涉的不法金額，必須由阿扁表態，尤其阿扁也很清楚提到扁案是政治問題，要由政治解決，只是扁錯過表態的最好時機，才讓赦扁發動停在最後一步。
該人士說，歸結扁案發生時，當時並沒有完整的政治獻金規定，以及後續「億來億去」的各種發展，不只傷害民進黨支持者的感情，更讓社會見到對不當的政商關係如何斲傷台灣民主的發展，這些都由民進黨承擔，也一路走到現在，如今，好不容易社會已走出扁案，特赦阿扁應該是要消弭歧見，而非讓爭議再起。
