台南市政府表示，中聯油脂事件之所以引發爭議，起因於台中市長盧秀燕公開指稱台糖油品部位於台南，並批評行政院護航，導致外界誤以為台南市政府是本案主管機關，而市長黃偉哲日前親赴台糖油品事業部，就是為了「釐清事實、澄清誤解」，並說明該單位主要負責汽柴油及石油相關業務，並非涉案食用油原料的生產或管理機關。
市府澄清後仍遭質疑護航？
台南市政府表示，市府針對主管機關權責及通報流程進行說明，目的在於更正錯誤資訊，卻反遭外界質疑在替業者護航。市府認為，真正值得討論的是「究竟是誰先混淆主管權責？誰刻意放大法令適用範圍？」讓食安事件偏離制度檢討，轉向政治攻防。
油品來源與主管權責如何認定？
台南市政府指出，涉案油品來源為中聯油脂，且台糖「未曾收貨、也未付款」，依權責劃分，原料端主管機關應屬台中市政府。然而，部分人士仍持續以「台糖未通報」、「台糖總公司設於台南」或「砂糖事業部位於高雄」等論點質疑市府，因此認為相關討論未回歸制度與事實，而是聚焦政治層面的爭論。
自治條例應如何解釋適用？
針對外界引用《台南市食品安全管理自治條例》提出法律見解，台南市政府法制處表示，該條例屬依《地方制度法》制定的自治法規，依法由台南市政府負責解釋與適用，「依法行政」應建立在完整事實調查與法律分析基礎上，而非先預設責任，再尋找法條佐證，法律也不能僅擷取單一條文或依個人評論推論責任，應尊重主管機關權責與法治程序，避免讓法律討論淪為政治攻防，影響民眾對法治的信任。
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