李凈瑜原本計畫10日前往北京，但9日晚間國台辦發布新聞稿表示，已轉交李明哲親筆信給她，當晚，李凈瑜透過聲明回應，7日便已收到前立委蔡正元助理李俊敏轉交的李明哲信件。並且有人要求她「立刻取消飛北京」，但她「不接受威脅利誘」仍將前往北京爭取人道探視。
本刊調查，該事件發生迄今20多天，由於兩岸關係仍凍，海基、海協兩會及國台辦和陸委會兩大系統未能直接往來，中間有非常多人穿梭協助處理該事件。知情人士說，如果中國真的要強硬處理的話，李凈瑜連信都收不到的，中國方面希望這件事情能夠低調處理，所以原本李凈瑜4月3日透露將飛北京協助調查時，這事件可能成的，但是後來李凈瑜一再召開記者會，加上人權團體放話，導致局面失控。
知情人士說，註銷台胞證比原本想像的結果還糟，之前收到的消息，最壞就是原機遣返，但是台灣方面太多除了家屬以外的人想要撈取政治利益，所以導致中國連讓李凈瑜在北京機場發表聲明的機會都無法，目前只能再重回低調處理。
回顧這起事件，前民進黨黨工李明哲在3月19日入境後即失聯，從官方透露的消息傳出，目前人被拘留在廣州。不過中國國台辦到3月29日才正式宣布李明哲被捕消息，原本李凈瑜配合低調處理，但這過程中中國加諸李明哲的罪名讓出身學運世代的李凈瑜無法忍受，想要捍衛丈夫名譽，導致態度轉為強硬，希望除了捍衛先生權益，也要捍衛基本人權價值。
李凈瑜原定搭乘下午1時起飛的長榮班機前往北京， 但是上午，中國公安部通報內政部移民署，表示李凈瑜台胞證已遭註銷。隨後，李凈瑜也在機場發表談話，她表示，「中國做為一個如此強大的國家，竟有如此不堪入目的小動作，我真的只能無語問蒼天」。
李凈瑜重申，她沒有拿到李明哲信件的正本，但因為遭到利誘、恐嚇，所以她才要掮客，也就是李俊敏給她保證書，讓她留下證據。她更說，她不想要李明哲活得沒有尊嚴，「自由與尊嚴必須兼得，無法兼得就會活得像狗一樣」。
而李俊敏則在保證書上寫著，關於救援李明哲先生本人將努力完成2項承諾，（1）確保李先生不會出現電視影像畫面「被認罪」（2）確保李凈瑜小姐盡快與李先生會面。並在文末附上自己的簽名。
針對李凈瑜的台胞證遭註銷，海基會副祕書長兼發言人李麗珍表示，海基會仍持續聯繫中。「我們很想知道國台辦委託海協會做了哪些內容」，「我們很希望他們（中方）說清楚」。至於是否再次正式發函海協會，李麗珍則表示會再與家屬商量。陸委會今天也發出聲明強調，對李女士（李凈瑜）持有陸方發給的有效證件，予以註銷阻擾，使其無法順利登機赴陸進行人道探視，政府對此表達嚴正抗議，陸委會呼籲，陸方應儘速透過雙方既有管道進行聯繫通報及處理。
