吳敦義政綱初稿談及兩岸時提到，要確保和平發展的兩岸，2005年，國民黨與對岸達成《連胡五項願景》，奠定兩岸和平發展的基礎。2008年國民黨重返執政以來，馬英九總統8年主政期間，以維護中華民國《憲法》架構下，維持台海穩定現狀，並在「九二共識、一中各表」的政治基礎上，推動兩岸交流，恢復兩岸制度化協商，擴大交流層面，陸續簽署包含ECFA在內等23項協議，讓兩岸紅利與全民共享，這是國民黨一向的堅持。
政綱初稿提及，國民黨將持續在兩岸共同的政治基礎上，戮力推動各項合作。而首要工作就是要強化國民黨處理大陸事務的能力，提升台商服務中心的功能，使兩岸經商、就業、求學的民眾皆可獲得保障。同時維護中華文化的發展，重新使兩岸人民心意相連。
政綱初稿談到，國民黨堅決反對台獨，深知唯有在尊重「九二共識、一中各表」的基礎，兩岸合作才可互利雙贏，唯有和平發展的兩岸關係，才會使得台灣人民受惠。國民黨未來將會透過政黨交流與民間互動。
