國政基金會最早由前主席連戰創辦，「連震東文教基金會」捐助1000萬元成立；2000年政黨輪替，首次在野的國民黨再捐贈10億元擴編。
前主席朱立倫2015年接任黨主席後，隨即大動作改革智庫，順利讓連戰及其人馬全面退出，由黨主席親自兼任董事長一職，建立智庫制度化改革，立法院每會期開議前例行舉行的行政立法議事運作研討會，也移師智庫舉辦。
洪秀柱當選黨主席後，去年5月改選，也延續黨主席兼任智庫董事長的慣例，並進行人事大換血，並延攬馬政府時代的卸任政務官，包括前行政院副院長杜紫軍出任智庫副董事長、新聘前國發會主委林祖嘉前勞動部長陳雄文、前農委會主委陳保基等人，「影子內閣」正式成軍。
吳敦義上任前也進行智庫改革，除了讓國民黨立院黨團的首席副書記長是當然智庫副執行長，並將智庫的5個研究分組，調整為8個分組，與立法院8個常設委員會對應，強化智庫支援立院黨團前線作戰。
