黨主席選舉後，吳、洪陣營為了是否提前交接及中央委員提名權、中央委員與中常委選舉時程鬧得不可開交，陷入無互動僵局。
依據國民黨去年底公告黨內選舉作業期程，黨主席必須於6月14日完成新任中央委員候選人提名，7月8日由黨代表投票產生中央委員，7月29日改選中常委。
若按原本制度，中央委員提名權在洪秀柱手中，因此挺吳派中常委提案要求延後到全代會舉行，讓吳陣營可以提名自己的中央委員。之後雙方交接小組達共識，確認210位中央委員提名原則，其中163位具參選意願的現任中央委員全部提名，其餘47位由洪、吳共同推薦。中央委員預定9月9日投票。
此外，行政院日前擬緊縮退將赴大陸，吳敦義認為若以假設方式訂定非常嚴酷標準，他覺得不宜。此番言論遭台大政治系教授、孫文學校總校長張亞中痛批回應太軟弱。國民黨中常委姚江臨、邱炳煌等24人連署，要求解散孫文學校。國發院長林忠山則在中常會與時任代理組發會主委李哲華互嗆。
國民黨中常會隨後決議暫停孫文學校所有運作，張亞中不得以孫文學校總校長身分對外發言，並要求林忠山提出相關報告。林忠山在中常會報告時仍提出對孫文學校的「兩個肯定、兩個發展」，支持張亞中無私奉獻。後來在吳敦義同意下，孫文學校在黨中央舉辦的「孫文開講」仍如期舉行。
