行政院為加強控管武漢肺炎疫情，訂定《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》，草案分為防治、紓困、振興與罰則4部分，將送立院審議。
依現行《傳染病防治法》規定，違反居家檢疫或居家隔離，最高分別罰到15萬和30萬元。但有民眾反映罰則太輕，近來又出現許多違反隔離，四處趴趴走的個案，造成警力疲於奔命找人，也讓社會大眾相當恐慌，因此政院在這項特別條例中第15條規定，罰則大幅提高，只要違反隔離措施、擅離隔離處所者，可罰20萬到100萬元；違反檢疫措施、擅離檢疫處所，則可罰10萬到100萬元。
另外，現行法規必須要證明已傳染他人，才可以處3年以下徒刑，屬於結果犯，然而現在是防疫期間，為避免疫情繼續擴散，有補充規定的必要，特別條例草案中第13條就指出，若罹患武漢肺炎或疑似罹患者，因不遵守隔離檢疫指示，有傳染他人之虞，將面臨刑責，最高2年以下有期徒刑，或罰200萬元罰金。
行政院官員說明2項規定的差異，因遭隔離或檢疫者通常就是疑似罹患者，若擅自離開隔離檢疫的處所，例如離開家裡到無人的樓梯間抽煙，會遭到15條規定的行政罰則，最高可罰100萬元；但若這名人士又跑去搭捷運或是人多的公共場所，「造成傳染他人的疑慮」，就有刑事責任，依13條規定處罰關2年或罰200萬元。
此特別條例也針對哄抬或囤積不售防疫物資訂出罰則，可處5年以下有期徒刑，得併科500萬元以下罰金，未遂犯也可處罰。同時為解決謠言造成恐慌，若散播疫情相關假訊息，足以損害公眾或他人，最高可處3年以下有期徒刑或罰300萬元。
特別條例實施將回溯至武漢肺炎列為第5類傳染病的公告日，也就是今年1月15日，到明年6月30日止，罰則部分則是從條例公布日實施。政府民間在防疫期間全民總動員，特地訂出相關條例規範民眾行為，希望全民齊力抵抗武漢肺炎，籲民眾別誤觸法網，避免造成恐慌與社會資源的浪費。
