據日本《產經新聞》報導，該協會有設立「鹿苑」來保護奈良鹿，但其中對於會破壞農作物頑皮鹿，會移至「特別欄舍」進行特別照顧。報導指出，入住「特別欄舍」的鹿鹿約有250頭，這些鹿一般不會公開展示，而且特別欄舍距離奈良公園還有一大段距離。
不過鹿愛護會的專屬獸醫師發現，住在特別欄舍內的雄鹿，約有7成屬於飢餓狀態，甚至還有脫毛狀況，而且在這群鹿當中，平均每年約有3分之1的鹿、大約50頭以上死亡。獸醫師通報指出，就在今年4-7月對特別欄舍的雄鹿進行調查，發現死亡的雄鹿平均壽命僅5歲，體重約為34公斤。但正常的奈良雄鹿，平均壽明可達15歲，體重約在60-70公斤，很明顯地，特別欄舍內的雄鹿低於平均壽命，且體重極輕。
獸醫師就指出，該協會提供給特別欄舍鹿群的飼料，都是營養價值低的便宜貨，等於這些鹿群長期營養不良，加上遮蔽環境少，供水區域髒亂，導致鹿群的壓力增加，這些都可能是造成鹿群死亡的原因。獸醫師也分析指出，特別欄舍的鹿群處在這種髒亂、低品質飼料的環境，至少生活5年以上，並重話批評該協會根本是「虐待動物」。
不過另一方面，「奈良鹿愛護會」否認虐待鹿群，並強調飼養在特別欄舍內的鹿群，過去多半是野生鹿，因此較難適應圈養環境，所以才會出現壓力過大的狀況。據悉獸醫師從今年8月開始，陸續向奈良市政府通報相關狀況，目前奈良市府已立案調查，市府保健所將在本月3日指派專門獸醫師進行現場調查，如真有涉及虐待動物等狀況，就會向奈良地方檢察署進行刑事告發。
