據日本《讀賣新聞》與《NHK》報導，塔台的通訊紀錄顯示，在2日下午5時45分11秒，塔台指示海保機「停在C跑道前」，海保機複誦後開始移動。不過，塔台沒有指示海保機進入跑道，但海保機卻已經把機身進入C跑道，隨後在下午5時47分30秒和日航發生相撞事故。
調查人員發現，海保機停在C跑道上約有40秒的時間，但期間塔台方完全沒有注意到，依然持續對日航下達降落指示。當時執勤的塔台人員也承認，由於當時正忙於飛機調度，因此沒有意識到海保機機身停在跑道上。報導指出，羽田機場共有4個跑道，一整天都會配置15名塔台人員值勤，每個跑道在一個時段內一定會派有2名塔台人員控管，因此現在調查人員也將進一步調查，事發當時C跑道的塔台人員是如何分配工作職責。
另一方面，海保機機長宮本元氣在這起事故中重傷，而他目前的傷勢較為穩定，已經接受警方偵訊，傳出他在偵訊期間頻說「對不起」。機長在偵訊中表示，事發當時與日航相撞後，保安機的後半部已經起火，當下他也不知道發生什麼事情，後來隨即發現已和隊員無法聯絡。不過機長與海上保安廳仍主張，事發當時認為已獲塔台方指示，准許進入跑道，所以海保機才會出現在C跑道上。
