之所以提早申請退休、結束36年醫師職涯，陳佩琪解釋，決定提早離開，不是什麼人生規劃，就只是個人醫療專業及行政能力已不符合北市衛生局的要求，她強調在自己專業領域上很符合聯醫要求且完全能勝任工作，因衛生局要求的能力不足只好先行走人。
陳佩琪透露最近衛生局要求院外門診部的諸多業務，在臨床上極為窒礙難行，人少不足需勞師動眾到處拜託，更要接觸陌生領域，加上不久後婦幼及和平兩院要分家，院外門診部歸屬未明，前途未卜下讓她覺得不如歸去。
陳佩琪自嘲已經努力做到衛生局的期待了，現在做不下去只好自己滾蛋。但仍有許多同仁尚在掙扎，即便她已申請退休也要為同仁請命，「官員很優秀才能當官這我知道，但也請要給基層工作人員一絲絲的尊重。」
對此，聯醫表示陳佩琪申請提早退休，涉及醫師個人生涯規劃，尊重其個人規劃。聯醫指出，12區院外門診部以各行政區特色作為發展規劃，建構分級醫療社區整合照護，並配合政府推動各項公共衛生業務，以達「一家就診、聯合服務」的理念。
