柯文哲在補充辯論中指出，檢方將京華城認定為違反平等原則的特例，卻忽略政策與制度可能從個案中逐步形成。他引述前台北市政府副秘書長李得全的證詞表示，都市計畫往往是由個案，逐步累積成通案，最後形成可供遵循的規則。
柯文哲也以葉克膜為例說明，若醫師因風險或責任顧慮而拒絕嘗試，「台大醫院至今不會有葉克膜」。回到京華城案上，他認為本案導致公務員不敢做事，圖利罪定義不清、適用範圍不明確，會有雙標疑慮，未來司法改革應正視處理，並可以參考「醫療除罪化」方向。
柯文哲批評，蔣萬安停止受理地主自提都市計畫變更申請，形同因噎廢食。若京華城案重來一遍，如果仍是市長，不會選擇不受理，而是會召集專家學者開會，擬定明確流程並建立制度。
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