她毫不諱言說，一開始選擇研究黑熊，只是為了一紙文憑，恰巧拜在一個治學嚴謹、專精熊類研究的指導教授門下。沒想到，竟成了畢生志業。博士班階段，1998年至2000年，她蟄伏在玉山國家公園的大分山區，做田野調查，進行黑熊繫放的工作。第一次捕獲黑熊，意外發現斷掌、斷趾，十分觸目驚心，她回憶：「當下沉痛到想搥心肝。」從此，斷掌事件成為她生命中不能承受之現實。她下定決心，日後要努力推廣保育，讓黑熊從瀕危動物名單上除名。
可惜事與願違。濫捕、誤捕也好，迷信熊膽、熊掌進補也罷，黑熊持續慘遭人類威脅。黃美秀說：「20年前抓熊，15隻裡面有8隻斷掌斷趾，比例佔53%，20年後抓熊，12隻裡面有一半斷掌斷趾，比例佔44%，看似減少了10%，我們應該高興嗎？數據證明，科學家的呼籲，政府未必會重視，就像全球暖化十幾年來都沒改善一樣。」一談到熊被斷掌的慘況，她忍不住紅了眼。「我回台灣，在有生之年，想要改善這個棘手問題，我不能睜一隻眼閉一隻眼，必須想辦法面對，我無法姑息斷掌這件事。」她語氣相當激昂。
她說最近正在讀艾德華‧溫爾森《人類存在的意義：一個生物學家的思索》，感觸極深：「他研究生物多樣性三、四十年，快步入人生末期，倡議科學家也應具有人文關懷。科學跟人文應該要結合在一起，以往各走各的，兩者幾乎錯失合作機會。科學如果不再重視人文，科技毀壞環境的力道，將遠遠勝過造福環境。」
黑熊隱居在中、高海拔的深山，遠離人煙，跟其他物種不一樣，即便入山也很難遍尋蹤影。一則瀕臨絕種，數量稀少，二則可遇不可求，等於像是在研究一個想像中的物種。
她說：「有時明知看不到熊，心裡仍抱期待，倒不是傻子。當初會走這行，是因為很喜歡看山，只要去山上看到那麼多的樹和風景，就會心曠神怡，而那裡（大分）就是我的樣區，我可以專心在樣區，研究快要滅絕的黑熊。在山上又沒有各種纏人的公務、信件等雜事，雖然要背30公斤的行囊，徒步好幾天，但是可以遠離塵囂，過另一種生活，是我所喜歡的。另外還有一個是信仰，我希望我的一絲努力對保育有幫助。」
即使資源不足、困難重重，所有能夠讓黑熊擺脫瀕危、讓黑熊被重視的事，黃美秀說自己一定還是會盡力去做。
