檢察官指控，馬英九身為總統，明知總統職權不及於指揮司法個案，也知道行使總統職權時，應符合憲法權力分立及制衡的基本原則，但2013年卻因與當時擔任立法院長王金平政治理念不合，為讓王金平喪失立法院長職位，在2013年8月31日獲檢察總長黃世銘報告，得知正對王金平等人涉入的關說案進行偵辦時，洩漏偵查機密給當時的行政院長江宜樺及總統府副秘書長羅智強，並教唆黃世銘另洩密給江宜樺。
檢察官梁光宗指出，他身為檢察官、也身為公民，起訴總統並不會開心，他希望在講述自己國家的總統時，是能夠像如數天上繁星一樣，抱著尊敬的心情。梁光宗說，如《韓非子》所言：「國無常強，無常弱。奉法者強則國強，奉法者弱則國弱。」因此總統如果涉及違法，是否將總統起訴，是基本國力的問題。
梁光宗強調，無權力分立、無權利保障，即無憲法，他認為，馬英九在本案中逾越了權力分立界線，跨越國會自律，也侵害檢察獨立，梁光宗指出，馬英九一再以刑事偵查的個案資訊是行政資訊的一種、行政首長可以取得並決定如何處理答辯，如果馬英九的辯詞成立，那麼無異為行政權創設了司法屬性的偵查權，將創造一隻火力強大的行政怪獸。
檢方指馬英九涉入此案的犯行，好比英國作家喬治歐威爾（George Orwell）所著《一九八四》中的「老大哥」，無所不在地監視想監控對象，將政治力長驅直入偵查核心地帶，請法官依法判馬英九有罪。
