阿里山森林鐵路2年前受杜鵑颱風影響，在42號隧道有兩處大型災害，一處位於東洞口200公尺（約森鐵59K＋880），約有40公尺路基流失；另一處為西洞口內240公尺（森鐵59K+080）起約有15公尺損壞，兩處損壞合計約55公尺。
林務局日前提出「阿里山森林鐵路42號隧道計畫」，計畫中規劃針對橋梁與隧道復建工法有三種，其中以隧道改線對環境影響最大，因為要重新開鑿新隧道。
但林務局評估卻指出，第一種原址重建，配合邊坡整治，因緊鄰邊坡，有被上邊坡石塊衝擊疑慮，施工人員安全風險高，永續性差，預計2年完工，須3.69億元，傾向不採用。
第二種方法蓋橋梁加上兩座隧道，橋台及橋墩座落於邊坡上，有被上邊坡石塊衝擊疑慮，施工人員安全風險高，雖然可眺望阿里山溪河谷，景觀壯麗，但須花6年完工，經費卻高達9.51億元，太過昂貴。
所以選擇第三種方法隧道改線，雖然開鑿1077公尺的新隧道，但較無安全疑慮，也不易受天候影響，隧道內景觀與現況相比，約少200公尺，永續性佳，3年內完工，經費只要3.91億元。
只是林務局建議採用第三種隧道改線方式復建，需炸山開出新的隧道，對環境如此激烈的工法卻規避環評。
惜根台灣協會祕書長林子凌痛批，「林務局太荒謬了！」本案並無緊急，而災害復原重建指的是「原址」，本案「非原址復建」，是屬於新的規劃，應依照環評認定標準做環評。
林務局則解釋指出，依據「開發行為應實施環境影響評估細目及範圍認定標準」第35條第1項規定，開發行為經目的事業主管機關認定屬災害復原重建、搶通之緊急性工程，並符合因災後受損及銜接原路線之原則，可免實施環境影響評估。
林務局說，依規定函報農委會，經農委會認定本案屬災害復原重建、搶通之緊急性工程，且銜接原鐵道路線，免實施環境影響評估，公文亦副知環保署。
林務局表示，本案雖免實施環評，但為降低復建工程對環境的衝擊，嘉義林區管理處已積極完成災損現勘、地質調查及復建方案規劃、工區範圍1公尺精度數值地形成果圖、地質鑽探及孔內攝影、岩心取樣試驗、地球物理探勘與現地監測調查，地質敏感區調查及安全評估報告等工作及復建方案選項規劃，以期將對環境之影響降至最低，在復建工程細部設計完成後，也將依規定於施工前函報農委會及環保署備查。
環保署指出，已於7月10日發文給國發會，請林務局提供詳細計劃內容，釐清42號隧道是否符合不需環評的規定。
