哺乳類動物中以台灣獼猴危害較為大眾所知，大多數山區栽植的農作物都是台灣獼猴可能取食的對象，例如孟宗竹筍（春筍為主）、桂竹筍、龍眼、荔枝、香蕉、柑橘、柳橙、鳳梨、芒果、木瓜、梨子、柿子、桃子、李子、蕃茄、釋迦、番石榴、枇杷、南瓜、玉米、甘藷、樹薯等均是。
至於墾丁地區數量龐大的水鹿及梅花鹿，則對黑豆、牧草、火龍果粗穗，以及樹皮、綠葉、草地有損，幾乎所有綠色植物都逃不過鹿類的啃食。
會破壞農作物的還有保育鳥類，如烏頭翁、台灣藍鵲（吃蓮霧、水蜜桃、印度棗、枇杷、柿子、葡萄、蕃茄、甜椒、小胡瓜、碗豆‥等）；黃魚鴞（吃鱒魚）；鳳頭蒼鷹（吃放山雞）。
但依據林務局自然保育網表示，目前處理保育類野生動物危害農作物係以野生動物保育法規定為主要依據。依野生動物保育法第21條規定，野生動物如有危害農林作物者，得予以獵捕或宰殺，但保育類野生動物除情況緊急外，應先報請主管機關處理，在緊急情況下，未及報請主管機關處理者，得以主管機關核定之人道方式予以獵捕或宰殺以防治危害。
因此民眾種植作物發生野生動物危害情況，可依野保法相關規定向地方政府申請獵捕，但主管機關通常不會為了農損而撲殺保育類動物。
