行政院長賴清德表示，本週四行政院會後，教育部長潘文忠提出口頭請辭，但個人還在慰留他，並強調，潘文忠非常積極也非常負責處理教育部各種事情，當然他在家庭裡一些事情的確也讓他造成工作上的影響，不過很多事情還在努力當中。
教育部則是在行政院證實請辭後隨即發出潘文忠聲明，強調依法行政是個人從事公職堅持的重要信念，面對台大校長遴選案，應確認程序合法及實質資格要件無疑義始同意聘任，但教育部在要求台大及遴委會查明疑義的過程中，不斷遭泛政治化的攻擊與污衊。
潘文忠強調，令人遺憾的是，台大遴委會及校務會議對各項爭議的處理，或以模糊帶過，乃至擱置方式不處理，任憑疑義蔓延，延緩校長聘任時程，也造成教育與社會的紛擾。
最後潘文忠指出，幾經思考，決定辭去部長一職，希望所有政治操作能就此停止，由衷希望我的辭職，提醒各界理性思考，可以讓台大校長遴選紛爭有一個重新釐清的機會。
