針對柯文哲在元旦升旗典禮「被罰站」一事，總統府發言人張惇涵稱邀請函上寫的都是5點50分前到，陳佩琪則質疑是否代表其他官員遲到，並要求張惇涵公布邀請函內容，作家「孟買春秋」則在粉專公布疑似是總統府對民眾的陳情回應，「府前貴賓證」上寫明5點50分前入總統府。
陳佩琪隨即在總統府發言人說明幻象戰機執行任務時墜海相關貼文底下留言，詢問相關問題要求府方回覆，此舉則被網友留言批評行為不妥，陳佩琪之後才編輯留言表示，自己不知道要在哪裡貼文所以才會出此下策。
陳佩琪今則在臉書上表示，她昨天臉書通篇沒寫到升旗之事， 但好幾個粉絲專頁和網友都在底下問相關事宜，她說「人家一直問， 我的醫生職業個性是人家有問一定回答」，她的印象是星期一下午開診前就知道飛官沒事， 事隔兩天了，應該確定飛官沒事，只是不知道為何她臉書沒提升旗之事， 但大家卻一直在臉書底下問， 純粹是想快點得到答案回應人家。
