去年長庚急診醫師出走風暴至今仍在延燒，衛福部和財政部去年推動《醫療法》和《所得稅法》修正，《醫療法》規定醫療財團法人應提撥20％年度盈餘為公益用途，現新增提撥5％為加薪專戶。
此外，《所得稅法》也通過，未來醫院、私校、慈善機構等財團法人，股利所得用在創設目的相關用途，必須達到60％～80%，否則將課徵20%營所稅，以股利收入達162億元的長庚醫院為例，若是沒有花掉，每年將課徵最少32億元的營所稅。
面對政府拿醫療財團法人開刀，私立醫院滿腹苦水，一名私立醫院高層透露，以長庚為例，每年要花掉128億元，「要去哪裡花掉這麼多錢？就算每年都增添設備還不夠花，這樣根本是變相鼓勵醫院亂花錢，乾脆每個醫師配置一台賓士好了。」
該名高層坦言，以長庚的情況為例，最後就只能鼻子摸摸認了，每年繳32億元的稅收。
前台大醫院副院長王明鉅也認為，國內醫療財團法人長庚、慈濟、亞東等醫院，股利占非醫療收入數少數，多數醫療財團法人都是靠醫療本業逐漸增加規模，他反對讓讓股利等非醫療收入課稅，這可能有違背信賴保護原則問題。
王明鉅說，更何況被徵收的稅金，被衛福部拿去使用在為了少子化要去買育兒百寶箱，或是食藥署念茲在茲的實驗大樓，他還寧願把錢留在長庚，「長庚醫療財團法人的經營管理能力，絕對比衛福部的這些計畫執行者好太多了。」
