前教育部長潘文忠因「卡管案」請辭獲准，吳茂昆就任教育部長首要工作就是面對「台大校長當選人管中閔一案准駁與否？」教育部長交接典禮結束後，吳茂昆特別留下來回答包括管中閔案、遭質疑到大陸兼職或擔任顧問等問題。
吳茂昆指出，管中閔案正在處理中，雖然還有很多細節需要了解，但會依適法性很快把這件事處理，當媒體進一步詢問是否還要召開跨部會諮詢小組時，他強調，下週教育部會召開第二次跨部會諮詢小組會議，就會做出決定。
至於外界質疑擔任東華大學校長、中研院物理所長以及國科會主委期間前往大陸兼職甚至擔任顧問，吳茂昆強調，昨天晚間發出的聲明已經說的很清楚，出差行程都依規定請假，前往中國大陸只有學術交流，沒有任何合作，對於被中國「西部超導材料科技有限公司」列為顧問，他明確說：「完全不知情，也從未接受過這間公司的任何邀請。」
吳茂昆在交接致詞中則是明確交代，上週六在伊朗率領團隊參加競賽時接到行政院長賴清德的電話，要我接任教育部長，經過一天的思考後決定接受這個挑戰，並強調，「身為教育工作者，得天下英才而育之，是我的理想。我也極其願意提供任何我在學術領域之專業諮詢，因為，我在科學領域的成就並非是我個人的財產。」擔任教育部長有機會實踐教育的理念，會戒慎恐懼努力做好工作。
