馬英九辦公室今發聲明稿指出，為了國人健康全面進行防疫工作這點值得肯定，但仍必須提醒，政府不該也不能忽略對人權普世價值的重視。依照現行《憲法增修條文》與《兩岸人民關係條例》，兩岸其實不存在國籍問題，而是以台灣地區人民與大陸地區人民的戶籍作為區分。
馬辦指出，陸配子女未能取得台灣國籍的因素有很多，包含就學、醫療、經濟等各種考量，有些兩岸婚生子女會暫時保留大陸地區人民的身分；另外一種則是已經改選入籍台灣，依照法規目前處於「長期居留」期間，還無法立即取得中華民國的身分證，但不論哪一種狀況，這些孩子都是台灣人的親骨肉，政府卻拿「有沒有身分證」當理由，全面拒絕這些台灣孩子入境，讓家庭無法團聚，這樣合理嗎？
而針對總統蔡英文表示「馬前總統既然做過總統，應該知道疫情掌控最優先」，馬辦也回擊，馬英九當然知道疫情掌控是最優先，也絕對支持政府全力防疫，不過重視人道與人權跟防疫工作並不衝突，蔡英文也曾說過，在公職人員的日常生活中，「人權，都會是基本，而且優先的價值」，希望政府能認知到該政策的謬誤。
