JYP在2015年推出女團TWICE，台籍成員周子瑜不僅外型甜美亮麗，可愛羞澀的模樣更是讓她吸引無數粉絲喜愛，由於她是第一位在韓出道的台灣人，因此當時掀起一股追星熱潮，也成為許多台灣粉絲的驕傲。子瑜曾在南韓節目上表明「來自台灣」，並揮動著手上的中華民國國旗，卻被舔共藝人黃安發文舉報是「台獨行為」，引發大票中國網友揚言抵制子瑜，她因此失去手機廣告代言機會，就連中國預定演出都被取消。眼看輿論之火越燒越旺，JYP緊急安排子瑜拍攝道歉影片，照稿唸出自己是中國人的聲明，才靠著時間逐步淡化爭議。
JYP娛樂在去（2024）年推出粉絲社群平台「FANS」，不僅提供旗下藝人的第一手消息，還提供發文功能，提升粉絲群之間的交流，亦可透過該App購買專輯等周邊商品，相當便利。不過近期卻有粉絲發現，該款App更新後不只新增、優化功能，更針對粉絲國籍選項進行調整，特別是把台灣改稱「中國台灣省」，英文版則註明「Taiwan,Province of China」，而這個舉動無疑是掀起台灣粉絲的不滿，讓許多人截下畫面，上傳到社群平台上痛批，「JYP去XX的FANS更新」、「國家區域，台灣被改了... JYPE 你夠了」、「又被JYP背刺了，我討厭你。」；甚至有人懷疑JYP高層是中國人，才會做出此舉。
