根據外媒報導，方濟各因罹患支氣管炎，於今年2月14日入住羅馬傑梅利醫院（Gemelli Hospital），但加劇轉為雙側肺炎，期間兩度病危。經過5週的住院治療，於3月23日出院，返回梵蒂岡休養。
前一天才在復節活動短暫現身聖伯多祿廣場為信眾祈福的方濟各，卻在21日安息主懷，享壽88歲。梵蒂岡衛生局副局長阿爾坎吉利（Andrea Arcangeli）在公布的死亡證明中表示，教宗死因是「腦中風、昏迷和不可逆的心臟衰竭」；而死亡證明也顯示，教宗在辭世前已陷入昏迷狀態。
梵蒂岡發言人表示，方濟各的入殮儀式於台灣時間22日凌晨2點舉行，靈柩最快可能在當地時間23日上午移往聖彼得大教堂，供信眾前來瞻仰致意。