調查局與菲國緝毒署（PDEA）於2006年間即簽署「反毒合作瞭解備忘錄」，另與菲國國家調查局（NBI）及國家警察總署（PNP）密切合作，每年均舉辦高層互訪、教育訓練及專案研討會，兩國對於緝毒情資交換也相當密切。
本刊調查，近3年來，菲律賓因台灣調查局提供情資至少破獲毒品案件8案，查扣安非他命毒成品逾300公斤、半成品12公斤、原料逾7,000公斤及大批製毒設備，逮捕台籍嫌犯5人、中國大陸籍嫌犯11人，其中2人因拒捕當場遭擊斃，另逮菲籍嫌犯4人，菲國嫌犯中還有1人是菲國緝毒單位處長級的官員。
檢調人士指出，台菲雙方合作緝毒成果豐碩，除了調查局外，菲國與我國刑事局近3年共合作偵破3案，與海巡署合作偵破1案，合計我國執法機關近3年與菲國合作共偵破12件毒品案，台灣與菲國是緝毒夥伴關係，無法接受杜特蒂不實指控台灣是菲國毒品來源國。
