2015年2月士林地檢署偵辦浩鼎案，發現同年2月21日，浩鼎公告「OBI-822」臨床試驗未達到主要療效終點重大訊息，致浩鼎公司股價連續4日跌停，自105年2月19日股價從681元下跌至同年3月4日455元，跌幅高達33.19%，疑涉內線交易，加上媒體報導浩鼎公司於解盲前借券數量異常，可能涉及內線交易。
2016年4月20日檢方搜索中研院翁啟惠辦公室，後來翁啟惠到案遭限制出境及交保，2017年1月，檢察官認定翁啟惠沒涉內線交易，證交法部分罪證不足予翁啟惠不起訴，但2011年間，浩鼎董事會開會決議讓公司董事長張念慈持有1,500張浩鼎投術股，轉由翁啟惠，以利取得中研院抗癌疫苗開發技術，但因經濟部對發行技術股有所疑慮，並未交付股票，這部分檢方起訴翁啟惠涉及期約賄賂罪。
檢方另認定，2012年12月間，浩鼎董事長張念慈為了取得新一代酵素合成寡糖技術授權，希望取得中研院的技轉，涉嫌以3,000張浩鼎股票賄賂翁啟惠，翁啟惠則以女兒翁郁琇名義，以每股台幣31元、約9,300萬元購買浩鼎股票後，2013年4月25日由潤雅公司與中研院簽訂專屬授權備忘錄，並經翁啟惠同意在該專屬授權備忘錄內訂有無需支付費用即可派員至中研院學習酵素合成法的條款，2014年4月23日先與潤雅公司解除備忘錄後同日與浩鼎公司簽訂專屬授權契約。
檢方認定，翁啟惠利用中研院院長一職，以國家資源扶植特定廠商，涉及期約收賄及違背職務收賄罪，最重可判無期徒刑，翁啟惠強調，自己一生清白，檢方用不存在的事實起訴他，自己從美返台為改善研究環境和生技產業，卻遇此案，但仍會持續帶領學生從事研究工作，今獲判無罪。
