爭議源於前民進黨立委謝欣霓質疑「日本博士班沒畢典」，柯文哲反嗆「不要人一綠、腦就殘」，強調兒子確實收到邀請函。陳佩琪隨即在臉書公開兒子導師信件截圖，日期顯示為3月2日寄出，文中提到「Family members can enter the room and take photos.」（家屬可以進入房間並拍照留念），之後又曬出校方3月4日信件，強調兒子受邀參加3月24日畢典，亦歡迎家屬參與，似乎想坐實出國行程的正當性。陳佩琪在發文中也感性憶往，自認是全家學歷最低的人，當年為了照顧發展障礙的老大與工時不定的醫生丈夫，才放棄攻讀博士。
不過，網紅徐閉隨即發文打臉，指出根據陳佩琪貼出的東大信函，最後一句寫著：「This letter is issued upon request to confirm the above information for official reference.」徐閉將其翻譯成大白話，即是：「有人要求我們發函證明柯博士畢業了而且3/24是畢業典禮，歡迎家屬參加，所以我們特別發這封信以茲證明。」意指若柯家沒有主動要求，校方根本不會發這封信。
消息一出，引發網友群起嘲諷，紛紛留言「看到upon request就翻白眼了」、「丟臉死了，哪有家長去乞求學校發信給你」、「白話文就是：校方基於禮貌無奈配合」。也有東大校友質疑，一般校方只會發放通用的觀禮憑證，這種「量身打造」的證明信，顯然是為了提供給法院作為「官方參考」使用。
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