行政院長卓榮泰赴日觀看世界棒球經典賽（WBC），引發包機爭議。對此，前駐日代表謝長廷指出，卓榮泰並未稱此行為「外交突破」，甚至幽默回應立委「只是突破捷克球隊的防線」，但外界仍認為此舉具外交意義。他解釋，卓榮泰赴日是為了台灣長遠利益，外交需長期維持信任，考量國際友人的處境才能穩固友好互動。
針對中國表達嚴重抗議，但日本官房長官卻公開表示「私人假日行程，不予置評」，台日雙方也以此定調，並向美國戰略夥伴說明，謝長廷認為，若在壓力下改口稱行程為外交公務，不僅損及台灣與日本的誠信，也可能被中國利用，破壞台日美信任，台灣反而成為輸家。
謝長廷強調，台灣外交處境艱難，第一線人員辛苦爭取的成果不易取得，個人可以公開發言吸引關注，但在關鍵時刻，卓榮泰及少數知情者仍須堅持立場，不能因外界壓力而屈服，「外交本就是需要承受委屈，為了國家利益，個人不得計較」。
謝長廷回憶自己出任日本大使時，也曾因身分與派系問題受到誤解，但仍以國家利益為優先。他直言，「覆巢之下無完卵」，為了台灣的長期利益，個人委屈在所不計，外交首重國家整體信任與友誼。
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