新竹市長高虹安涉在立委任內貪污助理費，一審被判7年4個月，她在宣判當天就宣布退黨，即便二審改判也未恢復黨籍，外界關注柯文哲是否也會比照辦理，黃國昌說明，民眾黨緊急應變小組當初就清楚定調，柯案是民進黨政府對柯文哲的政治追殺跟政治迫害，「當然不會有退黨的問題，更不會有祭出黨紀的問題」。
黃國昌強調，黨紀的問題是在處理有關於違反黨內相關的廉政倫理規範，並不會拿來處理被民進黨政治迫害、司法追殺的黨內統治。為幫柯文哲解套，民眾黨「紀律評議裁決準則」也悄悄修改，原本規定從政公職人員涉犯《政治獻金法》、《貪污治罪條例》之罪，將予以除名或停權，新增「但經中央評議委員會認定 有重大之特殊情事者，不在此限」。
據民眾黨「紀律評議裁決準則」，只有「從政公職人員」觸犯規定才要裁處，柯文哲目前無公職、也無黨職，理論上不適用，但考量他被控於市長任內涉弊案，因此做出調整；中評會已無異議通過。
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