6月初的極端降雨，對中南部及部分北部大宗作物造成嚴重衝擊。農業部已陸續公告符合天然災害救助及低利貸款的區域與品項，包括彰化縣落花生；雲林落花生、高粱、仙草；新竹縣部分鄉鎮瓜果類；屏東縣部分鄉鎮蔬菜類、瓜果類、花卉及里港鄉水平棚架網室，整體結構等天然災害救助及低利貸款；針對花生災害莢，亦已啟動專案協助措施，以確保受災農民獲得即時協助。農業部強調，將與地方政府保持密切聯繫，確保受災農民能第一時間獲得即時的資金與物資協助。
除了農田泡水，極端降雨也引發山區地質災害，農業部特別示警，目前監測到新增且風險較高的「萬里溪堰塞湖」，初步研判是大規模山壁崩塌阻塞河道所致，崩塌面積約45公頃，目前蓄水量已驚人達到78萬公噸。
對此，農業部已於6月22日緊急成立跨部會及地方政府的「萬里溪堰塞湖災害緊急應變小組」，至今已召開3次會議。目前已要求地方主管機關建立避難疏散收容名冊、擬訂撤離計畫；中央機關也同步進行堤防保護、河川疏濬、以及鐵公路橋梁的管制規劃，以超前部署方式降低潛在的潰堤風險。
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