針對經貿談判辦公室職場霸凌案，行政院本月26日公布行政調查結果，認定楊珍妮有2項職場霸凌行為成立。外界關注楊珍妮去留，當時李慧芝表示，待卓榮泰詳閱調查內容，會立即做出必要處置。楊珍妮事後則透過經貿談判辦公室發表6點聲明，強調遭冠上「霸凌」罪名令她痛心，並質疑有特定人士在背後操作，盼循合法、合理程序進一步調查。
對此，李慧芝29日表示，卓榮泰今日已約見楊珍妮，就調查結果進行談話，楊珍妮再次重申26日提出的6點聲明，持續捍衛個人名譽。李指出，行政院依《公務人員執行職務安全及衛生防護辦法》組成調查小組，並完成調查報告後，依據相關辦法，卓榮泰已決定自7月1日起停止楊珍妮的政務委員職務。
李慧芝表示，行政院將持續強化友善職場環境，建立更具支持性與心理安全感的工作場域。至於經貿談判辦公室後續運作，將由兩位副總談判代表及執行秘書負責日常業務，台美經貿工作小組仍由行政院副院長鄭麗君召集並主持相關會議，持續推動台美經貿合作及各項談判工作。
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