針對指控，商研院長王建彬透過商研院資服處兼人才策略室回應，投訴人所指實為子虛烏有。商研院雖是財團法人，每年並無政府直接挹注經費，年度經費來源皆需各研究單位爭取業績而來，無論是執行政府計畫或民間委託計畫等。本院包括其他法人都一樣，對研究員於業務要求都有一定規範，各所主管也才能管理同仁與達到年度業績目標與院整體的目標。
商研院表示，本院一直以來遵循勞基法，無論出勤或加班都訂有相關規定，以茲遵循。符合規定之加班情事，可申請與準允加班。附檔列舉幾位同仁申請加班，院長核准的加班申請。並無所指不得申請加班之情事。
商研院指出，本院亦訂有院外兼職要點，規範上班時間兼職與智財權等規定。這幾年本院有幾位主管，包括院長，皆是於下班時間受邀至學校授課，分享實務經驗，皆符合本院院外兼職要點規定。
另對於王建彬遭指控出差、兼差自肥，商研院稱，院長於臉書上的分享均為公務。本院於疫情爆發幾年前，每年度經常性組專業參訪團，如健康促進與長照醫療、百年老店等遠赴日本、荷蘭與德國考察與參訪，吸引許多業者報名。這些企業主管級參團，本院除委由專業旅行社之外，長官亦會親自帶隊，包含院長或董事長，辦理研究單位也會有隨行同事，讓參訪接待順利。因此並無「藉出差之名，與多名女客戶到日本旅遊、泡湯」等情事。
商研院說，王建彬院長自去年8月1日代理院長以來，推動全院「四新」，即「新產品、新客戶、新核心能量、新成長動能」策略目標，建立全院人才培訓體系，展開全院各階層內部訓練課程。今年度不到第一季，即達成年度業績目標。6月1日還特別召開記者會，宣示啟動本院「ESG永續推動元年」與減碳運動。院長的屢屢新政與舉措，同仁都有感受到，本院今年上半年離職率較同期（去年為14.8%）大幅下降至8%。
呼應院長上任時期許：未來將商研院塑造成為幸福企業的典範，包括良好的研究環境、研究資源的整合、行政革新等，讓同仁均可適才適所、快樂工作、進而達到卓越貢獻，發揮影響力與貢獻度，同時帶動商研院的成長及茁壯。
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