根據《鏡週刊》報導，此次人事動盪的導火線，傳出是有隨扈離職後將財務資料交給前國安會秘書長金溥聰，金隨即聯繫基金會董事高華柱向馬英九報告。據悉，馬英九掌握到有人近年疑似利用「馬辦名義」在中國執行特定事務，涉及誠信與財務問題，遂授權金溥聰與高華柱出手整頓。
馬英九日前接受專訪時態度強硬，證實蕭、王兩人因財政紀律問題離職，待事證整理完畢後將送交司法機關，「勿枉勿縱」。面對指控，蕭旭岑24日凌晨強力回擊，稱絕對沒有背信問題，所有事務均曾向馬前總統報告，並感嘆近年很多事「馬總統都忘了」，他更質疑背後有心人士發動抹黑攻擊，居心叵測。
國台辦發言人朱鳳蓮在今（25日）記者會上，面對媒體詢問馬辦人事動盪是否導致交流團取消，並未正面回應具體異動。她僅重申，馬英九基金會過去在推動兩岸青年交流及和平發展上發揮了積極作用。朱鳳蓮強調，中國方面願意在堅持「九二共識」與反對「台獨」的共同政治基礎上，持續與台灣各政黨、團體及各界人士加強往來，造福兩岸同胞。
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