立法院外交及國防委員會與財政委員會於本月23日、25日，以及26日聯席審查國防特別條例草案，針對行政院版、國民黨團版及民眾黨團版進行逐條討論，但朝野僅就「主管機關為國防部」及「依政府採購法辦理」2項條文達成共識，其餘條文全數保留送交朝野協商。
其中，國民黨團版本所提「預算執行懲戒條款」引發爭議，該條文明定，若因公務人員違法或失職，導致軍購計畫執行進度或成果未達標，或成效低於進度50%，須將機關首長及相關主管移送監察院調查懲戒。民進黨立委及國防部質疑，此規定未區分責任歸屬，若延宕原因來自美方，卻懲處我方人員並不合理；國防部長顧立雄更在休息時間一度表示「乾脆把我送懲戒吧」。
此外，朝野對特別預算規模與審查節點亦無共識。行政院版提出1.25兆元規模，國民黨團主張3800億元加「N」彈性額度，民眾黨團則為4000億元。對於是否以美方軍售發價書作為審議條件、以及是否強化國會監督機制，各方意見分歧。最終在多數條文無法整合下，送交朝野協商，依程序，若一個月內未能達成共識，最快將於4月底送交院會表決，外界憂心恐影響對美軍購期程，後續發展仍待觀察。
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