角色要深植人心，故事是重要關鍵。製作人Pupuya自陳不擅長劇情設定，最初《小魔女諾貝塔》是請友人編劇；希萌參與後為了長期發展IP，再邀台灣知名輕小說作家值言完善世界觀，打造「人類」「魔女」「亞人」和「生魂人偶」交織的奇幻世界。
「雖是奇幻類型，但為避免太過於空想，我盡量融入一些現實的東西。」值言舉例，遊戲中要透過蒐集道具拼湊故事背景，她曾看過二戰集中營使用猶太人油脂製作肥皂的資料；因此遊戲中也出現肥皂，只是改以「獸人」的油脂製成。
此外，《小魔女諾貝塔》規劃推出5部角色外傳漫畫，由希萌邀來多位長期合作的繪師執筆，編劇仍是值言，目前已完成4部，第5部「小黑貓篇」預計明年上市。而值言創作的外傳小說《塔妮亞的追憶之詩》及遊戲本傳小說，均由東立出版。
